とまと嬢さん、こんばんは。

＞発言?003299などを参考に、APIを使用して別アプリを起動しています。
＞別アプリ起動中はPBは使用できない状態なのですが、タスクバーから消したいのですが可能でしょうか？
＞
＞また、別アプリ終了後、PBをアクティブな状態にしたいのですが、良い方法がありましたら教えて下さい。

アイコンを一旦消して終了後に表示…というのでよろしいでしょうか。
それなら、CreateProcessA() の前と、CloseHandle() の後に、
ShowWindow() を追加してみられてはいかがでしょう。
以下、No.003300 に追加してみました。
# それにしても…引数の呪文のような数字の羅列が…恥ずかしいです(涙)

【外部関数】
function boolean ShowWindow(ulong hWnd, long nCmdShow) LIBRARY \"User32.dll\"

(hWnd : ウィンドウハンドル、nCmdShow : ウィンドウ表示状態)

【スクリプト】
ulong lul_sts
long ll_err
string ls_com, ls_null
ws_si lws_si
ws_pi lws_pi

Constant long SW_HIDE = 0 // ウィンドウを非表示にします 
Constant long SW_SHOWDEFAULT = 10 //デフォルトの表示です 

SetLastError(0)
SetNull(ls_null)

ShowWindow( [ウィンドウのハンドル], SW_HIDE )

ls_com = \"c:\\windows\\calc.exe\"
lul_sts = CreateProcessA(ls_com, \"\", ls_null, ls_null, False, 0, ls_null, ls_null, lws_si, lws_pi)
ll_err = GetLastError()
lul_sts = OpenProcess(16777216, 0, lws_pi.hProcess)
lul_sts = WaitForSingleObject(lws_pi.hProcess, 4294967295)
CloseHandle(lws_pi.hProcess)

ShowWindow( [ウィンドウのハンドル], SW_SHOWDEFAULT )