まつださん、こんにちは。

＞現在作成中のアプリは、PBからCADのAPIを使って作成した関数(DLL)をコールしています。
＞CADの制限によりこのDLLは、CADのフォルダに登録しなければなりませんし、
＞この関数をコールするときは、DLLが登録してあるフォルダをカレントにしなければなりません。

ダサダナな対策ですけれども、PBのEXEとPBD(またはDLL)、PBのランタイムライブラリ全てを
CADのDLLを配置したフォルダに移動して実行してみてはどうでしょうか。

それでダメならば現在のシステムはWin98 SE未対応ということになるしかないかと思います。

また、PBの開発環境をWin98 SEにインストールしてみると、もう少し詳しく調べられるかも
しれません。