riverさん、こんにちは。

＞フラグを設定すると、対象となるデータを見に行くために
＞全件Findする必要があるんじゃないでしょうか？
＞そうするとデータ件数が多いときに時間がかかってしまうと
＞思うのですが・・・

どういうタイミングでデータの表示非表示をしたいのでしょう？
FilterをかけるほうのDWで非表示にしたデータは、
復活させるようなことはないのでしょうか？

フラグを設定してやるのが有効だと思ったのは、
基本となるDWの検索が終了した後、2つ目（Filterをかけ側）の
RetrieveRowイベントでFind()関数であるかないかをチェックすれば
いいかと思ったからです。
（ま、RetrieveRowイベントに記述があると検索に時間がかかるようになるんですけどね）
それと、SetFilterの引数は、String型で2,147483,647バイトまでの文字列だと思います。

後は、2つ目のDWのSQL文、JOINかけて検索してこないように
しちゃえばいいんじゃないでしょうかね？

まぁ、プログラムの見易さ（わかりやすさ）と実行速度って
結構見合わないときもありますんで、どちらをとるかでしょうね。