明けましておめでとうございます。
tomosさん、こんばんは。

＞PBでビルドしたあとの *.exe や、*.dll の
＞ファイルバージョンNo.や会社名は変更できないのでしょうか?
結論から申し上げると、多分不可能だと思います。
（PBのプロジェクトの設定にあれば別ですが、私は
分かりませんでした。多分レスも無いので
そのような設定は無いのでしょう。）

ご存じかもしれませんが、
普通、exeやdllのプロパティにおいて
バージョン情報を設定できるコンパイラは
リソースファイル（resファイル等）
から取り込んで行うのですが、
PBのリソースファイル（pbr）を
取り込む機構ではそれらとは異なっているので
バージョン情報を付加できないと
思います。

sharedディレクトリの
pbcmp60j.dllをエディタで開くと、
該当するストリングテーブルがあるのですが、
そのソースファイル（多分rcファイル）
が無いため（当たり前ですが）、
コンパイルして変更することができません。