qy20さん、おはようございます。
参考までにうちの事例をご紹介します。

＞現在、コントロール数を減少させることについては検討中です。
＞
＞そこでまた質問なのですが、どれぐらいのコントロール数だとIMEの障害が発生しやすい、
＞という目安みたいなものはあるのでしょうか？
＞
＞あとOSを変えることなのですが、Win98またはWinNTにするとIMEの障害がなくなった
＞(少なくとも減少した)、という事例は実際にあるのでしょうか？
＞

うちも同じバージョンを使用しており、win95で使用し始めたところ、障害が続発しました。
最初は、同じようにコントロール数を減らす事で解決を試みました。
確かに、画面によっては頻度は減るのですが、完全になくす事はできませんでした。

結局、「OSのWin98化が有効」との判断で、全てのクライアントのWin98化を行いました。
結果ですが、その後IMEの動作に関する不具合の問い合せは、なくなりました。
（全く起きてないとは言い切れませんが…）

ちなみに、Win98にしたために、他の動作がおかしくなるという事はありませんでした。