いっちーさん、たかさん、こんにちは。

＞これは、オープンしたアプリケーションのライブラリに保存しようとするウィンドウが
＞存在しないためです。（別のPBLファイルに存在している）

これの解決方法ですが、
エクスポートしてインポートしなくても、
現行のアプリケーションのライブラリに保存したあと
ライブラリペインタで「コピー」「移動」などを使うことが出来ます。

ただし、
目的のライブラリを、現行のアプリケーションで利用し編集したいなら
こてちゅさんのコメントを参考にしてください。