いっちーさん、こんにちは。

＞ウィンドウを保存しようとすると、
＞\"コピー先ライブラリは現行のライブラリリストの中に
＞ なければなりません。\"
＞というメッセージが表示されて保存できません。
＞解決法をご存知の方、助けてください。。
＞

これは、オープンしたアプリケーションのライブラリに保存しようとするウィンドウが
存在しないためです。（別のPBLファイルに存在している）
解決方法としては、
１．ライブラリペインタで編集したウィンドウをエクスポートします。
２．編集したウィンドウを保存しないでクローズします。
３．編集したウィンドウが存在するアプリケーション（PBLファイル）をオープンします。
４．ライブラリペインタで１．でエクスポートしたファイルをインポートします。
以上のことを行えば、保存はできますのでやってみてください。
（間違っていましたら、ごめんなさい。）