詳しく言うと、

・APはすべてPB5.0.03に移行済です。
・移行のEXE作成時にDLLをいつも上書きしていたのですが（内容は変更せず）
  全移行後に実行すると最後に作成した物以外はアクセス違反になります。
・最初に移行したＡＰ一つを「すべて上書き」でEXEにすると、これが動いて、前回動いていたものが
  アクセス違反になります。また一つEXEにするとこれが動いて、前のが動かない。
・PB4のPBDでは変更したPBDのみ提供して動いていたと思うのですが．．．
・ちなみに、エラーになっているのは、DLLの内部でCommandParm()を実行し、Trim()しているところのようです。

他の人が作成したAPでは同じ処理でエラーになってないようなので、
DLLの関数を呼び出すEXE側のスクリプトを同じようにしたのですが
現象変わらずでした。

実現したいのはnariさんのコメントの（２）です。
これで、みなさんに分かってもらえるでしょうか？

P.S. nariさんコメントありがとうございました。初心者なもので説明不足すみませんでした。