やまにょさん、こんにちは。Takaさんのコメントに追加のレスです。

＞＞このような状態で構築を繰り返すとPBL内が破壊されてしまう現象が発生しているのですが、
＞＞これはPowerBuilderの不具合なのでしょうか？
＞＞それとも、単に私の扱いが悪い！だけなのでしょうか？？？

Takaさんのコメントにある事項に加えて、EXEを生成する時にP-CODE形式のEXEを
生成するようにしてみてください。
（マシンコードのチェックをオフにする）

P-CODE形式の場合、EXEとPBD(PBの動的ライブラリ)が生成されます。

それから、PBLのサイズが大きすぎる時は分割すること。
(800KBが目安。1MBを越えてしまうような時は分割した方がよい)

EXEを生成する際は、動的ライブラリを使用すること。
(マシンコードではDLL,PコードではPBDを使用する)

定期的にPBLを最適化し、時々別ディレクトリにバックアップする。

この辺の注意事項を守れば、だいたい大丈夫でしょう。