やまにょさん、こんにちは。

＞このEXEを作成する時のPBLは全て同じ物を使用し、PBのDBプロファイル等で接続先を変更した
＞上でコンパイルしています。

この表現がよくわからないのですが、同じソースコードをもとに３種類のEXE(&PBD?)を
構築している、という意味ですか？
DBの接続先を変えたって、ソースが同じである以上、出来上がるモノは同じです。
どうして複数のEXEを作る必要があるのでしょうか？

＞このような状態で構築を繰り返すとPBL内が破壊されてしまう現象が発生しているのですが、これはPowerBuilderの
＞不具合なのでしょうか？それとも、単に私の扱いが悪い！だけなのでしょうか？？？

大きすぎるPBLは分割するか、PBLを「最適化」してみてください。
さらに、EXE構築の際は「フル」ではなく「インクリメンタル」にしたほうが良いかもしれません。
※「フルコンパイル」では、全エントリが再生成されてしまいます。
　PBLに対する書き込みが連続して行われるので、この時に壊れることは考えられます。