pontaさん、こんにちは。

＞ＰＢで作られているパッケージソフトをカスタマイズする事になり
＞初めて使うことになりました。
＞
＞ライブラリやユーザーオブジェクトが沢山あり、継承、継承で
＞何がどこに定義されていて、どこで値が設定されているのか
＞全然わかりません。（探せません）

そのパッケージソフトの開発元から、技術資料を入手すれば良いのではないでしょうか。
合法的にカスタマイズしようとしているのでしたら、開発元は技術資料を提出する義務があると思います。

非合法に、あるいは契約規定に反してカスタマイズしようとしているのでしたら、その限りではありません。