TR-707さん、こんにちは。

＞このような状況で3）の処理時にあるサーバでWin3.1で実行した場合のみ
＞外部オブジェクトプロパティの参照エラーが出ます。
＞具体的にはドット表記でインスタンスのデータストアのデータを参照できていない、ということです。

今回の原因とは関係ないかもしれませんが、一応参考までに
わたしの職場で依然以下の現象がありました

PowerBuilder5.0.2で、スクリプトをドット表記で記述していると
exe作成した時にアプリケーションエラーで落ちる
しかし、exe生成時のオプション「マシンコード」のチェックをはずすとその現象は無くなった

というのがありました。残念ながらOSは「WindowsNT 3.51」で全然違いますが
exeの生成方法を変えてみるのも一つの手かもしれません
ではでは