jyotaさん、こんばんは。

＞テキストモードで書き換えてSQLペインタをとじる時に不正な処理となります。
＞何回か行ったのですが、毎回、不正な処理となります。
＞改行後、閉じた場合でも、不正な処理となります。

気になったので、TechWiredとPB5.0.04のBug Fix情報(PS504fix.txt)を検索してみました。
ピッタリ当てはまる現象はなかったのですが、MS-SQLServerやSybaseに接続した時に
データウィンドウにカラムを追加するとハングする事象についての情報がありました。

もし近くにPB5.0.04のCD-ROMがあれば、アップデートすることをオススメします。

＞それから、グラフィックモードへの変換をおこなった場合、「where句が正常に解釈できませ
＞んでした。」と表示されできません。（between句から変換されていないようです。また、
＞where句では外部結合、内部結合を行っています。）

SQL文が複雑すぎて、グラフィックモードで解釈できないようですね。