jyotaさん、こんばんは。

＞＞＞データウィンドウのSQL文を修正後に画面を閉じて終了するときに、
＞＞＞「不正な処理が行われました。」というメッセージがでてSQL文が変更できません。
＞＞＞SQL文の変更を登録するにはどうすればよいでしょうか。
＞＞
＞＞SQL文の変更を使用とした時に、どういう操作をしたのでしょうか。
＞＞それがわからないと、なんともコメントできないのですが。
＞
＞SQL文に読み込みカラムを追加後、アイコンをクリックし閉じただけです。
＞また、もとはPB4.0で作られたものをバージョンアップしています。

「SQL文に読み込みカラムを追加後...」とありますが、この操作は
データベースペインタから、SQLペインタに移動しますよね。
この時にグラフィック表示モードにしてカラムを追加したのですか。

それとも、テキストモードに切換えて、直接SQL文を書き換えたのでしょうか。

＞＞＞また、SQL文はかなり長いです。
＞＞
＞＞ちなみに、何バイトくらいですか？
＞＞
＞3500バイトくらいです。

3500バイトなら問題ないです。PB5.xでは、たしか60000バイトくらいまでOKでした。