ruroさん、こんにちは。

＞
私のタイトルミスですね。。すみません
＞DBではなく参照テーブルです。
＞
＞参照テーブルをかえるので、当然、SELECT文が全部新たな参照先のテーブル名に変わります。
＞DWペインタでSQLを変更した際にレイアウトがすべて自動的に削除されて新たに設定した
＞SELECT文によりカラムが出来ますが、レイアウトがくずれてしまうという事です。
＞DWのペインタ上でです
（誤字は修正しました。）

未確認ですが、DWをエクスポートして、SELECT文を書き換えてみては？
確か、Table.SelectというプロパティにSelect文が書かれていたと思います。