しげぞうさん、こんにちは。

＞通常、データウィンドウやストアドプロシージャを使用する場合はSQLCAによって接続されるテーブルや
＞プロシージャしか認識されません。そこを独自で作成したトランザクション（別のデータベース[SQLCA以外]）
＞によって接続されるプロシージャを使用する方法などあるのでしょうか？もし、あるのなら知っている方
＞教えてください。お願いします。

PBのデータベース接続は、トランザクション・オブジェクト
で行います。SQLCAはデフォルトで自動生成されるトランザ
クション・オブジェクトです。
複数のデータベース接続を行う場合等では、このトランザク
ション・オブジェクトを明示的に生成することで実現できま
す。

(例)
// トランザクション・オブジェクト定義
transaction sdb_trans

// トランザクション・オブジェクト生成とDBMS接続
sdb_trans.dbms= \'odbc\'
sdb_trans.dbparm=\"ConnectString=\'DSN=sql db;UID=\" + userid + \";PWD=\" + pass
CONNECT USING sdb_trans;

詳しくはマニュアル、ヘルプをご覧ください。