ふくぞーさん、こんばんは。

＞説明しますと
＞アプリケーション　A（MDI名：w_genapp_frame）と
＞アプリケーション　B（MDI名：w_genapp_frame）があります。
＞
＞Aからタイマーで、あるタイミングでメッセージを出しOKならBを起動します。
＞しかし、タイマーは動きつづけるので今の状況では、さらにメッセージが出ます。
＞Bが起動済みの際はこのメッセージを出さないようにしたいのですが・・・。

AとBの、MDIフレームウィンドウのタイトルバーに表示している文字列は、おんなじなのですか？
もし違うのであれば、Bのタイトルバーの文字列をFindWindowAの引数に渡して
ウィンドウハンドルが取得できるかどうか、でチェックできると思うのですが、いかがでしょうか？

もし同じなのでしたら、これは見なかったことにしてください。(^-^;