FJSさん、こんにちは。

＞一般的なデータパイプラインはローカルデータベースとサーバー（共有）データベース間で行われます。
＞これをサーバーデータベース間でデータ転送を行ないたいのですが、できません。

誤解のなきようコメントしておきますが
パイプラインペインタで実行する場合、データパイプラインは２つのデータベースプロファイルを
指定します。それぞれがローカルだサーバだとかは関係ありません。

＞推測しますに、パイプラインペインタ上で行なっているのでトランザクションオブジェクトは１つです。
＞よって、転送元から転送元を参照しているのではないかと思われます。

いえいえ、きちんと２つの Transaction を解決してくれます。

ペインタ上操作されているのでしたら、
転送元と転送先で指定したデータベースプロファイルが同じではないかと思うのですが。
（データベースプロファイル名が違っていても接続しているデータベースが同じ、とか）