ももちんさん、こんにちは。

＞過去のログをみたところ、どうやら、DLLを修正しないと、正しく呼出しができないみたいですね。
＞
＞現在、運用では、JCAFTR.dll をpbから呼出さずに、代わりに j-linkの付属ソフトのファイル転送
＞ユーティリティで送受信を行なって対処しています。
＞
＞とりあえず、DLLの変更しなければならないのであれば、運用方法の変更で問題を回避しておきます。

DLLそのものを修正できない場合は、目的のDLLを呼び出すラッパのDLLを作成し、そのDLLをPBから
コールできる形式にしておけばOKです。

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│　Ｐ　Ｂ　│→│ラッパＤＬＬ│→│ＪＣＡＦＴＲ．ＤＬＬ│
└─────┘　└──────┘　└──────────┘

こんな感じですね。