mimuraさん、こんにちは。

＞システムフォントが小さいフォントと大きいフォントでウィンドウサイズが
＞異なるのを防止する方法をどなたか教えて下さい。

小さいフォントと大きいフォントでウィンドウサイズが異なる...
そういう現象には出くわしたことはないのですが。
ウィンドウのコントロールサイズやフォントの表示が違ってくる現象は
知っています。

＞PowerBuilder単位系（PBU）について
＞ヘルプにPowerBuilder単位系は、システムフォントのサイズに対する割合ではなく、
＞論理インチを基準に定義されます。…とありますがどのように使えば良いのかわかりません。

この文も意味不明です。
具体的に何をしたいのでしょうか。