tamaさん、こんばんは。

＞PB4からPB6.5に移行後、あるウィンドウ関数のスクリプトが別のウィンドウ関数や別の
＞イベントのスクリプトと入れ替わっているという現象が起きていることに気づきました。
＞例えば、wf_redrew()というウィンドウ関数のスクリプトがあるのですが、
＞activateイベントのスクリプトと入れ替わっているのです。
＞ウィンドウによっては、全てのウィンドウ関数が間違ったスクリプトを表示しています。
＞
＞しかし不思議なことに、動作確認をすると正常に動いています。
＞
＞これはやはりスクリプトを１つ１つ手作業で修正しなければならないのでしょうか？
＞また、修正することにより、今は起きていない不具合が出るということはないでしょうか？

原因はわかりませんが、オブジェクトとスクリプトのリンケージがうまくいってないみたいですね。
ひょっとしたら、以下の手順で直るかもしれません。

１．PB4で移行するライブラリを開き、[ライブラリの最適化]-[(全ての)オブジェクトを再生成]-
　　[ライブラリの最適化]を実行する。
２．PB4→PB5→PB6.5の順番でマイグレーションを実行する。その際PB5.0.01の使用は避け、
　　PB5.0.02以上のバージョンを使用する。(PB5.0.01にスクリプトが消える障害があるため)