morさん、こんにちは。

お気を悪くされたら済みませんが、
ご質問の内容が理解しかねます。(^^;

＞データウインドウ上でレポートに対して、検索引数を増やそう（もともと３個）
＞とし、検索引数を設定したのですが、データウインドウ更新後に、再度その
＞データウインドウを開くと、さきほど設定したはずの引数が空白になってしまい
＞ます。Ｖｅｒは４．０．０３です。

DWペインタで修正して保存したはずのDWを、
もう一度DWペインタで開くと、修正が保存されていないのですか？

＞  設定しようとする検索引数は、スクリプトから Retrieve関数で渡された物を
＞そのまま更に下位のデータウインドウに渡し、下位のデータウインドウはその
＞渡された引数のうちの一つを使用してＤＢから検索するプログラムです。
＞
＞   スクリプト          データウインドウ           データウインドウ１      データウインドウ２
＞  Ａ?Ｍ という引数 →  そのままＷＤ１に全て  →   Ａ?Ｍのうち一つを      ＤＢよりＳＥＬＥＣＴ
＞                         渡す                     ＷＤ２に渡す

これが良く解らないところなのですが、
morさん自身のご理解を深めるためにも確認しますと、

データウインドウ　 → 【DWコントロール】（画面に貼ったもの　ちなみに検索引数とは無関係な存在です）
データウインドウ１ → DWペインタでデザインした、主となる【データウィンドウ オブジェクト】
データウインドウ２ → DWペインタでデザインしたデータウィンドウ オブジェクトで、
　　　　　　　　　 　 データウインドウ１に貼られた【ネスティッドレポート】

のことかと推測します。
「Ａ?Ｍ という引数」なら都合 13個もの検索引数が必要なはずですが？？？

データウインドウ１とデータウインドウ２ともに必要な検索引数を増やされましたか？