どんさん、こんにちは。

PBが自動生成するSQL文の日付書式を任意に変更するテクニックについては、
過去に何度かありましたので検索してみてください。

＞現在ここまで判明して対応中ですが、これ以外にも何かあるんでしょうか？
＞同じような事をやっている方おりましたら、他に発生する問題及びもっと
＞良い解決法（PB5にバージョンアップ？）を教えて頂けるとありがたいです。
＞期間的にもう余裕が無い・・・(^^;

PB5.0.04以上にアップするのが妥当かと思われます。
アシストさんのＨＰにも、PB5.0.04より前のバージョンでは2000年問題をサポートしない
といった表現がなされています。

ただ、PB4.xからアップするとなると、日付以外の問題がいろいろ出るかもしれません。
もっと早い段階から対応しておくべきでしたね。