mkataさん、こんばんは。

＞PBLのソース管理に苦労しています。
＞SCRIPTの比較を行ないたいのですが、何かよい方法はありますか？
＞UNIXで言うところのDIFFコマンドみたいなツールってないですか？
＞知っている方がいらっしゃいましたら教えてください。

ファイルを比較して差異を表示するツールなら、フリーソフトでたくさん出ています。
「Vector」や「窓の森」などで探してみてください。

比較した結果をファイルやHTMLに出力するものもありますが
　・結果を画面に表示
　・行ごとに、不足・余分・差異あり を色分け表示してくれる
　・ファイル単位だけでなく、ディレクトリ単位に比較できる
などの機能があると便利です。

下記サイトに登録されている【DF】などはいかがでしょうか。
http://www.vector.co.jp/vpack/filearea/win95/util/text/index.html

他にも便利なソフトがあったら教えて下さい。(^^;