ふくぞーさん、こんにちは。

＞ウインドウプラグインを使ってWEB上にウインドウを
＞表示する処理をしています。
＞データはサーバーアプリから取得するようにしてるのですが
＞どうにか試行錯誤で表示できるようになりましたが・・
＞ふと・・あれ？表示してるデータを修正したときのデータの
＞更新って？？
＞更新処理及び排他制御について何か良い方法をご存じの方いらっしゃいましたら
＞よろしくお願いいたします。

PBのウィンドウプラグインって、実はプラグインを経由してPBのランタイムで動いています。
従って、本質的には通常のC/Sで動くPBアプリと変わらないのです。

ですから、更新や排他処理も、C/Sシステムと同じ感覚でやってしまってOKです。