おはるさん、こんにちは。

＞長いLOOP処理を中断できるようにということで、Yield 関数を現在使用しています。
＞このLOOPの中の処理は、通信用のDLLを毎回起動しています。
＞
＞確かに中断されるのですが、別の処理を実行しようとする（ウィンドウと閉じるなど）と
＞アプリケーションエラーが発生してしまいます。
＞DLLを起動しなかったら、まったく問題なく、LOOP処理を中断することも、次の処理を実行
＞することも可能なのです。

LOOPの中でYield()した結果、なにかの条件によって中断していると思いますが、書き方に注意が
必要です。いきなりウィンドウをクローズしないで、
・まず、ループをEXIT
・必要に応じて後処理などを実行
・その関数を正しく終わらせる
・その関数の呼び出し元となっているスクリプトでも、正規手順で終了させる
・これで始めてウィンドウを閉じる
など、きちんと順を追って処理すれば大丈夫です。

あと、「通信用のDLLを起動」とありますが、非同期制御などをしている場合、中断→終了によって
受け取り用の変数アドレスが失われていることも考えられるので要注意です。