まことさん、こんにちは。

＞InstallBuilderのバグというか、仕様なんだと思ってます。
＞PB5の時も、PB6.5でもそうなんですが・・　NT3.51までなら、正常にアンインストールできるのです。
＞
＞で、NT4.0にインストールはできますけど、アンインストールできないという。
＞
＞今後、どうするのかな？
＞　っと思ってると、PB6.0からInstallSheildも添付されるようになり、今後はこっちを使うって事のようです。
＞（ハッキリと、今後はInstallBuilderをサポートしないっていってますし。）
＞
＞で、InstallSheildを使いたいのですけど、全て英語でして・・・　一度、setup.exeを作成できたのですが、
＞割り当てたファイルは何もインストールされず・・・　いまだに埃にまみれてます。
＞
＞　うまく、インストールする環境を作ってる人　いるのかな？
＞# ファイルをコピーして、ショートカットを作って下さいというインストール手順書・・　恥ずかし^o^;
＞
＞って事で、何も解決する事なく　去っていくのでした。　ども！(^o^;)
＞
＞

PowerBuilder 5.0.02-5.0.04のread50?.txtに以下の記述があります。
おそらくその記述があてはまると思います。
結局問題解決にはなりませんが。

半角のカタカナはここでは、全角にして抜粋しています。

WindowsNT4.0
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通常の方法では、PowerBuilder/InfoMakerのアンインストールは行えません。
インストールしたディレクトリからすべてのファイルを削除し、タスクバー
からフォルダ、ショートカットを削除(\\Winnt40\\profile\\ログイン名\\スタート
メニュー\\プログラム\\Powersoft 5.0 にあります)、レジストリから \"powerbuilder\"
をもつエントリを検索して削除し、コントロールパネルのシステムを実行し、
環境のユーザ環境変数から不必要なものを削除します。