シャインMRさん、こんにちは。

＞INSERT文で \"\" (０バイトの文字列。スペースではありません）を入れるとテーブルではNULLになるんですか？

正確に言えば、\"\"はNULLではありません。
ただし、「空文字をNULLとして扱う」などの指定をしていたりするとNULLとなります。
SQLで

  INSERT INTO \"department\"  
         ( \"dept_id\",   
           \"dept_name\",   
           \"dept_head_id\" )  
  VALUES ( 110,   
           \'\',   
           null )  ;

としてみましょう。
（これはPBについてくるデモDBでテストしています。）

そして、
  SELECT \"department\".\"dept_id\",   
         \"department\".\"dept_name\",   
         \"department\".\"dept_head_id\"  
    FROM \"department\"  
   WHERE \"department\".\"dept_name\" = \'\'   ;

とやった場合と、Where句を
   WHERE \"department\".\"dept_name\" IS NULL   ;
とした場合でどちらが正しく結果を得られるか比較してみるとよくわかると思います。

DWで自動生成されるSQLを取得して、どちらになっているのか確かめてみてください。