あすかちゃんの父さん、こんばんは。

＞対象データばblob変数に格納されており、これをstring型に変換
＞してpos関数でパターンマッチをかけようとしたのですが、blob
＞からstringにうまく変換できません(変換後のstringが空文字に
＞なったりする)。

blob変数をstring変換した場合、どこかの位置に0x00がでてくるとその手前までしか
stringに入ってくれないと思います。
（0x00以外なら大丈夫のような気がします）

＞バイナリデータに文字コードに無いデータが含まれていれば、当
＞然の結果なのですが、こういった場合のテキストのパターンマッ
＞チを調べるうまい方法はないでしょうか？

PowerBuilderの標準関数では無理だと思います。
Pos関数のパラメータはいずれにしてもstring型を要求するので、強引に0x00を含む
stringを編集したとしても、Pos関数に渡す段階で切り落とされると思います。
\"BlobPos\"関数が欲しいところですね。

＞blobから1byteづづ切り出して、コードを調べるロジックを組めば
＞できるのですが、MB単位のデータでこれをやるのは、パフォーマン
＞ス的につらいものがあり、悩んでいます。

CでDLLつくるしかないのではないでしょうか。
あるいは、blob変数を単純にstring変換するのではなく、一度0x00を別のコード（0xFFとか)
に置き換えてからstring変換→Pos関数へ　という処理にするのはどうでしょうか。