numanumaさん、おはようございます。

もうあきらめてしまわれたようですが...

＞ウィンドウＡでループ中にウィンドウＢより入力できる様に
＞ウィンドウＡのループ中にYield()を記述してみたのですが
＞ウィンドウＢが反応してくれません。

そんなはずはないと思います。
私はウィンドウＡのループ中にYield()することで、ウィンドウＢのキャンセルボタンを
押してループを中断する仕組みを使っています。

で、確認なのですが、ウィンドウＢってレスポンスウィンドウではないですよね？
レスポンスの場合、それをOpenしたスクリプト内で処理が止まっています。

また、ループの中でデータベースと長時間アクセスしていませんか？
データベースサーバと通信中の場合、待ち状態になるのでYieldすら効きません。

＞Yield()の使用法が間違っているのでしょうか？
＞同じウィンドウ内のみでしか使えないような気がします。

という訳で、そんなことはないです。