takaさん、こんにちは。

＞現在PB3.0(Win3.1) で開発＆稼動しているのですが
＞WinNT4.0へ変更したいとの要望があり頭を抱えています。
＞どなたかご意見を聞かせてください。
＞
＞　　・まず上記のことは可能なのか。
＞　　・可能である場合、注意点などを教えてください。
＞

PB3は、実際には使ったことがないので、無責任モード　＆　推測モードです。

まず、NT4.0において16Bit版のアプリケーションを実行させることは、お勧めしません。
Win95でしたら、実行は可能ですが…WinNT4.0でも実行事態は可能です。
（実際にVB2で作った社内システムがNT4.0で稼動中）
ただし、予測不可能なアプリケーションエラーが多発します。（多分WinAPIがらみ）

できることなら、32bit版へのバージョンアップをしたほうがよいです。
バージョンアップの情報は、最近も話題になっているので、検索してみてください。