Hiroroさん、こんにちは。

＞データウィンドウのレコード、カラム別にプロテクトをかけようとしています。
＞でもデータウィンドウのカラムのプロパティにあるプロテクトを使用すると
＞おかしな（笑）ことになり使用できません。スクリプトで記述することは
＞出来ませんか。

「おかしな（笑）こと」がどのような現象か解らないと、
それを回避する、的を得たアドバイスもできません。

スクリプトから ModifyやDWオブジェクトのドット参照により
【Protect】プロパティに値や式を記述することはできますが、
結局は同じ現象が発生するだけだと思いますので。