S-Yamadaさん、こんにちは。

＞ 本題なのですがデータウィンドウのカラムで数値型のカラムに
＞年のマスクをかけて「○○??年度」（○は年号、??は数値）と表示させているのですが、
＞「平成01年度」と入力できるのでしょうか？
＞というか「平成01年度」と入力すると「昭和64年度」と表示されてしまいます。
＞処理したいデータの日付としては平成元年の日付なので
＞何とか「平成01年度」と表示させたいのですが…。可能なんでしょうか?

あのぉ。
Number型のカラムに対してどのようなマスクをかけているのでしょう？
（スクリプトでフォーマットを変えているのかな？）
Date型のカラムで行った場合、こちらでテストした限り（外部ソースを使用）
では特に問題がないようです。

あと、平成元年の日付とありますが、平成は、たしか1月8日からですので、
日付との関連で平成01年01月01日はありえません。年度（4月から年度の始まり）と言った概念はないです。
年度として扱いたいのなら、和暦表示を別エリアとして構えるなどの対処が必要かとおもいます。