こんばんは。

＞SQL文で\"ALTER TABLE･･･ADD\"という構文がありますが、SybaseのISQLのコマンドにこの構文を入力し実行
＞すればうまくいきますが、PowerBuilderのスクリプトではどう記述するのでしょうか？

動的SQL・構文１を使います。（前にも書いたような気がする...）

string  sql
sql = \"ALTER TABLE xxx ADD xxx ...\"
EXECUTE IMMEDIATE :sql ;
if SQLCA.SQLCode = 0 then
/* 正常 */
else
/* エラー */
end if

P.S.
インターネット上での半角カナは、マシンによっては文字化けしますのでタブーです。
お気を付けください。