「ouchi」さん、こんばんは。

＞ウィンドウのコントロールメニューによるクローズを制御したいため、
＞closeQueryイベントでクローズしたくない場合に「Message.ReturnValue」に１を
＞セットしました。
＞通常時は制御できたんですが、ウィンドウ内に配置してあるデータウィンドウ・
＞オブジェクトプロパティの設定処理をcloseQueryイベントに追加したところウィンドウ
＞がクローズしてしまいます。
＞なにか影響があるんでしょうか？
＞なにか参考になる事が有りましたらよろしくお願いします。
＞
＞---< closeQueryイベントのスクリプト >---------------------------------
＞
＞dw_1.object.カラム名.Visible=TRUE    <--- この処理があるとクローズしてしまう
＞Message.ReturnValue=1
＞
＞---------------------------------------------------------------------

上記のスクリプトをPB5.0.04でテストしてみましたが、問題ありませんでした。
しかし、HELPをみたところ気になる箇所をみつけました。

?????????????????????????????????????
＜PowerBuilder5.0のHELPより抜粋＞
関数仕様の変更
Message オブジェクトの ReturnValue プロパティの値を設定する
必要はなくなりました。代わりに、RETURN 文を使用してください。
?????????????????????????????????????

ですので、以下のように記述を変更するとどうなるんでしょうか？
（PB5.0.04では正常に動作しました）

?????????????????????????????????????
dw_1.object.カラム名.Visible=TRUE
RETURN 1
?????????????????????????????????????

これで駄目なら、PBのバグの可能性があります。