イツワさん、こんばんは。

＞<集約CD><集約名>    <金額>     <数量>
＞   A     ダイヤ      1000        10
＞   B     月の石         0         0
＞   C     火の石   394E-50         0
＞   D     水の石         0   456E-50
＞   E     木の石         0         0
＞
＞１行目は正しい値ですが、２行目以降は間違っています。
＞SQL文のみで検索すると全て正しい値が返ってきます
＞DWの表示になにか問題があるのでしょうか？

ええ?と、すべて正しいように思いますが、もしかして。(^^;

指数表示になってしまうということでしょうか？
カラムのプロパティの[表示書式]を小数点表示にすればいいのですが、
こんな回答で失礼でしたら謝ります（汗）。