こんにちは

＞test.exe , aaa.pbd , bbb.pbd , ccc,pbd
＞からなるアプリケーションをユーザーには使用してもらってますが、この中の
＞aaa.pbdの内容だけ変更した時はもう一度アプリケーションを作成して
＞test.exe と aaa.pbd
＞だけ上書きしたら良いのでしょうか？

参考にならないかもしれませんが、要は修正内容によると思います。
bbb.pbdが参照するものがaaa.pbdにあったら、それがオブジェクトでも変数でも
影響を受けると思います。

逆にaaa.pbdに限定された修正ならば exeを作り直す必要すらないかもしれません。

僕の場合、全てのpblをpbdにしてexeを作ってます。
で、aaa.pblのスクリプトを修正しただけで、他には影響がないって時だけaaa.pbd
のみを差し替えてます。
（影響がありそうなら、影響がある全てのpbdとexeを作り直してます。）

それで正常に動いているようにみえますが・・・　それが正しいかどうかは・・
わかりません。^o^;（スミマセン　動作確認してダメなら全て差し替えて下さい。）