「かず」さん、こんにちは。

＞バージョン5.0.04で開発したPBLを5.0.01で修正（あくまでもスクリプトの
＞修正のみ）し、再度5.0.04に戻した場合何か不具合が発生しますか？

PBで動作不具合が起きる原因の一つに、開発環境と実行環境のバージョンの不一致があります。
同じメジャーバージョンのPBでも、マイナーバージョンが異なれば動作が微妙に異なります。
（マイナーチェンジで障害修正が行われるため）
例えば、開発環境がPB5.0.04の場合は、実行環境もPB5.0.04にした方が無難です。

上記のことを考えると、PB5.0.04で開発したPBLをPB5.0.01で修正して実行ファイルを作成して
しまうと、開発環境と実行環境の不一致という状況になってしまいます。
PB5.0.01で修正を行い、PB5.0.04で実行ファイルを生成するようにしてやればOKだと思います。