こんにちは，Junです。

＞私も同じ現象が起きて、結局先祖にコマンドボタンを張り付けるのを辞めました。
＞kasiさんのおっしゃる対応で、回避できるようですが、
＞結局はこれはバグ？ですよね。と私も確認してみたかっただけなのですが・・
＞どなたかサポートに聞かれた方いらっしゃっしゃいませんでしょうか？

サポートは，PowerBuilder6.0の不具合だと言っていました。
イベントの先祖にスクリプトが記述されていない場合に，子孫に記述した
スクリプトが正常に保存できないそうです。
そのため回避するには，先祖に何か記述すればよく，だからコメントを
書いてねということのようです。

次期メンテナンスリリースで修正される予定と言っていましたので，
6.5ではなおっている*かも*しれません。