こんにちは。

＞可変長配列で、要素を増やすのは簡単ですが、へらしたい場合はどうすれば
＞いいのでしょうか？

これで良いかどうか保証はできないのですが、例えば

   int li_a[], li_b[]

   li_a[2000] = 10
   // 何か適当な処理
    ....

   li_a = li_b

のようにすると、減らせるような気がします。
インスタンス変数に2つの可変長配列を定義しておいて簡単に試したところ
では、メモリが解放されているように見えます。