＞うーん、もっとちゃっちいんです。
＞メインシステムで一個のEXEにして、そのほかのサブシステムは
＞全部DLLにしてしまおうかなーっと。。。
＞もしやこの考え方から間違っているのでは。。。
＞今回つくってシステムではEXE一つにあとはたくさんのDLLっていうかたちに
＞してしまおうと思ってました。
＞なにしろ前回EXEつくったのが3.0Jのころだったので、勝手がわからなくなってしまって。。
＞そうしたら、単純に共通モジュールだけexeにしたことに問題があったみたいで。
＞M.Mさんのご経験ではほかに思い当たることないですかねー？？
＞たとえばDWだけすべてEXEに含んでしまうとかすれば解決する問題でしょうか？

何故、exeにdddwが入らないかの推測第二段です。

実行ファイル作成時に、PowerBuilderは動的に参照するデータウィンドウをexeに組み込みません。
動的に参照するデータウィンドウをexeに組み込むには、PowerBuilderリソースファイル(PBRファイル)
に記述するか、動的ライブラリ(PBD or DLLファイル)に格納する必要があります。

はっきり自信がありませんが、dddwが動的データウィンドウとして扱われてしまっているために、
上記の現象が発生しているのではと思われます。
詳しくは、PB5.0「クライアント／サーバアプリケーションの構築手法」第５章 240頁を参照して
下さい。