＞でも、こちらは、スクリプトで砂時計に変えなくでもポインタは砂時計に変わります。

砂時計に変わるコマンドボタンって、コマンドボタンのユーザーオブジェクトじゃありませんか？
スクリプトの [デザイン]メニューに [先祖スクリプトの表示] ってありません？
う?ん、勝手に変わってくれたかなぁ。 (^^;

＞＞SetPointer(HourGlass!)
＞＞
＞この方法もやってみましたが、一瞬に砂時計に変えて、すぐ矢印に戻る（抽出はまた終わってないのに）
＞ようになります。clickedｲﾍﾞﾝﾄの処理が終わるまで、矢印に戻らない方法がありますか？

本来の問題の「すぐに矢印に戻ってしまう」ですが、処理の前に MessageBoxで
「実行していいですか？」とかメッセージでも出していませんか？
もしされていたらMessageBoxのボタンを押すためにポインタが矢印に戻されますので、
その次のスクリプトで SetPointer(HourGlass!) を繰り返さなければなりません。

あるいは、どうやらRetrieveされているようですが例えば検索をキャンセルするために
RetrieveRowイベントで Yield 関数などコールされてませんか？
この場合もPBに制御が戻ってきますので、砂時計にならないと思います。
（こっちは推測で回答しています...）