＞＞インポートした行をUpdate関数で更新する際にUpdate文を発行して欲しいって意味でいいですか？
＞＞それだったら、インポートした行全てを SetItemStatus（） を使って
＞＞ステータスをData Modified!にするとUPDATE文を発行してくれるはずです。
＞
＞その方法も考えました。ただ、新規行はInsert、更新行はUpdate、といったように
＞制御しなければならないので、単純にすべての行をData Modified!にしてもダメ
＞なんですよね。もっと細かいレベルでは、カラム単位でステータスを変えないと…。
＞
＞ループを組めばうまく行くかも知れませんが、処理時間がかかりそうで怖い…。

DWがItemステータスで更新をしている以上、その仕様を追いかけるのが
一番トラブルがないように思いますよ。
どういう処理かしりませんけど、退避前のデータのほとんどの行は NotModified!
でしょうから、その行はとばせるわけですし、
それほど時間もかからないんじゃないでしょうか？
無責任ですけど。