takuさん おはようございます。

私も以前Ver4.0をVer6.0に移行したことがあります。
単純に移行しただけなのであてはまるかどうか・・・
一応レスします(^_^;)

＞１．どの程度、手間のかかるものなのでしょうか？
＞　　一概にはいえないと思いますが経験者の方がいらしたら、
＞　　どの程度の時間、修正が必要かを参考までにお教え下さい。
私の場合は一度Ver5.0に移行してからVer6.0にしましたが２週間くらいで終了しました。
（pbl:15本、ﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑ55本）
setacioncode関数をイベントの引数に修正や
ｳｨﾝﾄﾞｳのkeyイベントでkeydown(keytab!)は動作しなくなるための対応等。

＞
＞２．移行時のワーニング等をそのままにしても動作すると聞いたのですが、
＞　　性能等はどうなるのでしょうか？
あまり複雑でないアプリだったので出てきたﾜｰﾆﾝｸﾞはsetactioncode関数くらいだったので
移行してすぐ動作はしました。（DBがoracleなので接続のスプリクトは修正しました。）

＞３．移行にあたって、役に立つ資料は何かありますか？
＞　　参考になる様な資料がありましたらお教え下さい。
私の場合はVer6.0についているオンラインブックしかみませんでした。
あとVer6.0をインストールしたときにｽﾀｰﾄﾒﾆｭｰに「移行の注意」みたいのがありました。

こんなんで役に立つかどうか・・・(^_^;)

P.S
あまりむずかしくないという印象です。
一度Ver5.0に移行するとVer6.0で復活する関数までワーニングで表示されますので
直接Ver6.0に移行した方が良いと思います。
（ｻﾎﾟｰﾄｾﾝﾀｰの回答では一度VER5.0にした方が良いといってました）