aceさん、こんばんは。
返信が遅くなり大変申し訳ありません…！！
実はこちらも試験してみたのですが、うまくいかなかったのです。
(どうしてもタスクバーにタスクボタンが出来る前に起動中ウィンドウが消えてしまう…)
アプリB側の処理に何か問題があるのかもしれないですね。
お時間を取らせてしまい申し訳ありません。。

＞itigoさん、こんばんは。
＞
＞CreateProcessを使用しているのでProcessIDは利用できると思いますそこで
＞外部関数として
＞FUNCTION UnsignedLong GetWindow (UnsignedLong hWnd,UnsignedLong uCmd) LIBRARY \"USER32.DLL\"
＞FUNCTION UnsignedLong GetTopWindow (UnsignedLong hWnd) LIBRARY \"USER32.DLL\"
＞FUNCTION Long GetWindowThreadProcessId(UnsignedLong hWnd,ref Long lpdwProcessId) 
＞LIBRARY \"USER32.DLL\"
＞宣言
＞
＞
＞先ほどのスクリプトを利用して記述してみると
＞(7/23ラグありそうなのでコメント修正)
＞
＞unsignedlong GW_HWNDNEXT = 2
＞unsignedlong hWND
＞Long lpdwProcessId
＞
＞OPEN(w_kidoutyu) // 【起動中…】テキストを張り付けたウィンドウのOPEN
＞
＞CreateProcess(Null, アプリBのパス, Null, Null, False, 0, アプリBの格納パス, 
＞STARTINFO,PROCESS_INFORMATION)
＞
＞if WaitForInputIdle(PROCESS_INFORMATION.hProcess,120000) = 0 then
＞
＞  SetNull(hWnd)
＞  hWnd = GetTopWindow(hWnd)
＞Retry:
＞  DO WHILE hWnd <> 0
＞    YIELD() //もしOSに制御を渡したければこれも記載
＞　　  GetWindowThreadProcessId(hWnd,lpdwProcessId)
＞　　  IF lpdwProcessId = PROCESS_INFORMATION.dwProcessId THEN
＞　　　 　EXIT
＞　　  END IF
＞　　  hWnd = GetWindow(hWnd,GW_HWNDNEXT)
＞      IF hWnd = 0 THEN GOTO Retry //ﾘﾄﾗｲは何回にするか、決めた方がいいと思います
＞  LOOP
＞end if
＞
＞ここで hWnd にハンドルが取得できているので状態監視ができると思います。
＞もっとも、ハンドルが取れているので、このまま
＞Close(w_kidoutyu)
＞でもいい気がします。
＞
＞