けんじさん、こんばんは。

アクティブでない（デバッグウィンドウがアクティブになっている）状態の
ウィンドウなどでHALTしてもWM_NCDESTROYが失敗するようなので、
APPLICATIONのCLOSEのみブレイクポイントをつけてみてはいかがでしょうか？

＞いつも御世話になっております。
＞
＞HALT CLOSE を使用し、アプリケーションのCLOSEイベントで処理を記述しています。
＞普通に実行した場合、処理は正常に動作しています。
＞
＞しかし、デバッグで実行した場合記述した処理が走っていないと思われます。
＞（処理開始時にメッセージボックスを表示させて確認しました。）
＞
＞原因と考えられるものに何か心当たりのある方いらっしゃれば、ご教授いただけないでしょうか？
＞
＞よろしくお願いします。
＞
＞