satosiさん、おはようございます。
PB5の環境は、新たにInstallしないとないので、
PB8.0.3での実験結果であることをご承知置きください。

こんなスクリプトでDWをExportしてみました。
ls_dwsyn = LibraryExport(フルパスPBL名, DW名, ExportDataWindow!)
li_FileNum = FileOpen(フルパスExportファイル名, LineMode!, Write!, LockReadWrite!, Replace!)
FileWrite(li_FileNum, ls_dwsyn)
FileClose(li_FileNum)

このファイルと、手動でExportしたファイルを、DOSのFCコマンドで比較してみました。
その結果、手動で作成したファイルに下記ヘッダー情報がついていた以外は、違いなしでした。
「$PBExportHeader$Exportファイル名
$PBExportComments$DWのプロパティで入力したコメントの内容」

＞データウィンドウをエクスポートすると、
＞ファイルの最後にASCIIコード 0 が書き込まれています。
＞
これはバイナリエディタで確認したのですか？PB8でのExport結果にはないようです。

＞LibraryExport関数で取得した内容には含まれないので、
＞自作したプログラムで、
＞
＞FileWrite(Id,\"~h00\")
＞
＞と、ASCIIコード 0 を書き込もうとしているのですが、
＞うまく行きません。
＞
＞ASCIIコード 0 をファイルに書きこむにはどうしたらよいでしょうか？
＞
オブジェクトのExportをスクリプトで実行すること自体やったことがなく
作成結果の使用目的が想像もつかないのですが、「ASCIIコード 0 」が
ついていないとうまく行かないのですか？
と、言うのもPB8でHelpを見ると、\"~h##\"で##に指定できるのは
「01?FFまでの2桁の16進数」とあるので．．．．