rioさん、こん○○は。

＞データウィンドウのsortについて教えてください。
＞
＞ソートするカラムがユニークでない場合、
＞一度ソートした後に再度setsort()でソートのポップアップ画面を出して、
＞先ほど選択したカラムがソート条件に残っているままでＯＫを押すと、
＞ソート順が変ってしまいます。どうしてでしょうか。
＞データベースペインタのソートの指定でも同じ現象がでます。
＞これを防ぐ方法はないでしょうか。

そういうものです。(^^;
手抜き回答ではなくて、ユニークでないカラムに対するソート条件の場合、その結果が一致する保証はありません。

常にソートの結果を一致するには、１つ以上のカラムを組み合わせてユニークにしなければなりません。
どうしてもユニークにならないデータの場合、Oracleだと RowID（擬似列）を読むなどの方法が考えられます。

＞またこの時のソート条件を取得できないでしょうか。
＞一応、dw_***.describe(\"Datawindow.Table.Sort\")で
＞取得したのですが、単に項目Ａと出るだけで、
＞他の条件がでません。

そのプロパティが \'項目 A\' なら、間違いなくそれがソート条件でしょう。
もしスクリプトの中でソート条件を設定している（SetSortしている）のに、というのであれば、
エラーが返っていると思います（画面には出ない）。