inuiさん、おはようございます。

済みません。ちょっと勘違いをしてましたね。

＞マッチングする関数があると思っていたのですが、
＞過去ログにて、dw同志のマッチング機能はないとありました。
＞皆さんはどのような方法でこのような時、判断しているのでしょうか？
＞やはりループで1件ずつ判断という方法でしょうか？

前の回答では、結局1件ずつループさせなくてはならなくなるので、
こういう方法ではどうでしょう。

先ず、請求修正用のDatawindowに、比較用の金額カラムを追加して
Datawindow内に追加した金額カラムの値と修正入力用の金額カラムの値とが
一致しているか否かの計算フィールドを作成。
その計算フィールドを集計して、最終判断に使用する。

例であげると
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先ず抽出SQLは･･･
SELECT 請求金額 AS 比較用金額,
       請求金額 AS 入力用金額
  FROM 請求データ

※更新属性で、比較用金額は更新対象から外しておく
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Detail区に作成する計算フィールドの式は･･･
if(比較用金額 = 入力用金額, 0, 1)

※計算フィールドの名前はcompute_1
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Summary区に作成する計算フィールドは･･･
sum(compute_1 for all)

※計算フィールドの名前はcompute_2
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更新処理時に･･･
int mods
mods = dw_1.GetItemNumber(1, \"compute_2\")
IF mods > 0 THEN
   //未処理フラグを立てる
END

･･･といった感じでしょうか？