ocsさん、こんばんは。

推測となりますが、下記のような方法（イメージ）では、どうでしょうか？

WIN_A--dw_a dataobject=\"d_a\" dddwカラム=\"dddw_col\"--------
WIN_B--dw_b                  dddwカラム=\"dddw_col\"--------

WIN_A 検索後のコピー処理----------------------------------

Open(WIN_B)
WIN_B.dw_b.DataObject=\"d_a\"    //DataObjectを、WIN_A のものに変更
WIN_B.dw_b.SetTransObject(SQLCA)

DatawindowChild dwc_dddw

WIN_B.dw_b.GetChild(\"dddw_col\", dwc_dddw)  //DDDWインスタンス情報の獲得
dwc_dddw.SetTransObject( SQLCA )
dwc_x.Retrieve()                           //DDDWデータウィンドウを検索してあげる

//RowsCopy 等で、WIN_A.dw_a 情報を、WIN_B.dw_b にコピー

スクリプトを書く場所等は、上記は全くなってませんが、
DataWindowChild型で、dddw データウィンドウの情報の検索をしてあげるというところが、
重要かもしれません。（おそらく、WIN_B.dw_b については、Retrieve してないですよね）

はずしてたら、すいません。　いろいろ試して、がんばってみてください。